서북부 모임 회원

오랫동안 사위었던 정든 HP 6715b를 처분하고... (응?)

가볍고, 저렴한 넷북을 찾았으니... 그 이름하야 Dell Inspiron 1210, 통칭 Mini 12로 불리는 녀석이다.

특징은 넷북스럽지 않은 12.1 인치의 디스플레이 사이즈와 1280x800 의 해상도가 되시겠다!

또한 메모리, CPU, 메인보드칩셋(그래픽 코어 내장형)이 하나의 모듈 보드로 장착되어 있으니,

뜨거운 맛을 보기 전엔 메모리 업그레이드가 불가능 하시겠다. 흑...

일단은 업그레이드에 비용이 발생하기 때문에, 이대로 쓰기로 맘 먹고...

리눅스를 설치할 예정이지만, 한동안 일이 바쁘기 때문에,

깔려있던 윈도우즈로 적응하고자 한다.

키보드도 들석거리는 부분이 있어서, 손을 좀 본 상태이지만...

미리 장치관리자의 스냅샷을 찍어서 올려본다.

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사실이란 애매하다. 어떤 사실이 있는데, 이것을 완전히 전달할 수 있는 수단이 존재한다고 가정해보아도 마찬가지이다. 사실, 사실이란 것은 인식을 통해 우리가 받아들인 것들에서 끝나기 마련이며 이 때문에 사실은 애매할 수밖에 없는 법이다. 이런 현상은 우리가 눈을 뜨고 새로운 시간을 인식하기 시작할 때부터 일어난다. 창밖에는 눈이 내리고 그날따라 빨갛게 물든 수은기둥은 좀처럼 자라날 기미가 없는데, 나에게는 그날이 너무나 낭만적이고 따뜻할 수 있지만..

그렇다. 지금은 안되는 거다. 난 나를 충분히 돌아보지 못했고, 내가 무슨 짓을 저질렀는지, 내가 무엇을 잘못했는지 판단하지 않으려고 하였다. 나는, 내가 갇혀있는 세계를 아직 깨뜨리지 못했다. 깨뜨렸다고 생각한 것은 오직 꿈 속에서의 이야기. 이제서야 잠에서 깨어나, 아직도 내가 나만의 단단한 껍질 속에 나를 가두고 있다는 것을 알았다. 나는 잊혀지는 것이 너무나 두려웠고, 나는 내가 추억으로만 남을 것이 너무나 무서웠다. 그래, 외로우니까 사람이..

누군가에 소중한 존재가 되는 것은, 가끔 그 누군가에게 소유되는 의미로 받아들여지곤 한다. 예를 들어 나는 ~의 아들이나 ~의 친구가 아니라 '시마시마' 그 자신인데, 다들 하는 말은 '~의 뭐뭐뭐' 식이라는 말이다. 심지어 이런 방식은 더 나아가 일상 속에서의 황당한 호칭을 만들어주곤 하는데, 어디에 다니는 시마시마라든지, 또는 어느 고등학교 출신의 시마시마라든지 하는 식이다. 나는 커피를 좋아하고, 서양오랑캐 말을 조금은 할 줄 알며, 역사를 조..

"For every choice, there is an echo. With each act, we change the world. One man chose a city, free of law and God. But others chose corruption. And so the city fell. If the world were reborn in your image, would it be paradise, or perdition?" ―Sofia La..

적당한 오염 물질이 섞였다는 서울의 공기에는 습한 기운이 배회하고 있다. 이런 날에도 적당한 양의 커피, 적당한 놀이를 한 후에 여남은 개의 일을 이리 저리 둘러보며 하지는 않고 있을 뿐이다. 마치 안개처럼. 안개의 속성은 이런 법이다. 배회하지만 직접 닿지 않는다. 가끔 들이마시는 숨 속에서 느껴질 뿐, 이것이 딱 어디에 웅크리고 숨었는지 아는 사람은 없다. 나는 정말 안개인 것인가. 멀리 뜬 하늘에서 내려다보며 차마 닿을 수 없기에, 자신이 생각..

어제 말한 믿음과 운명에 대한 이야기는... 현재 내가 겪고 있으며, 또한 결말이 이미 거의 다 보이는 상황을 돌아보며 적은 것이다. 아, 심장이 두근거린다. 이런 이야기에 또 한번 언급한다는 것 자체가 나에게는 많은 용기가 필요하므로. 문제가 무엇이었을까? 내가 충분히 닿을 만한 믿음을 주지 못했던 것일까? 아니면 애초에 그 운명과 내 믿음은 엇갈려 있었던 것일까? 혹은 내가 이렇게 생각하는 게 잘못된 것이며, 지금 이 순간 이후에 내가 생각했던..

살다 보면, 정말 믿기 싫은 일들을 많이 만난다. 사건들이 일어나는 현실은 나의 믿음, 나의 상상 속 세상이 아니므로 인해. 그러나 조금 생각을 바꾸어 보면 이런 것들은 단지 운명과 믿음이 맞지 않는 순간일 뿐이다. 운명에 대해 말한다고 하면, 어떤 사람들은 신에 그 연관성을 찾지만, 운명과 신은 별개의 문제이다. 그러니까, 운명은 정해져 있으면서도 정해져 있는 것이 아니라는 말이다. 내가 영향을 미친 세상, 내가 만들어 놓은 부분들이 알지도 못하는..

구름 너머 눈을 뜬 하늘 흐릿한 눈동자가 따뜻해서 오늘 밤엔 너를 꿈꿔야겠어 그래, 오늘처럼 바람이 하루종일 망설이며 불어쳐도 하늘을 바라봐야겠어 둥글게 핀 까만 하늘에 너의 눈동자가 그리운 밤 오늘 하루가 잠들면 떠오를 그 눈빛이 나는 보고 싶어 어떤 날엔 짙은 눈물이 쉬지 않고 내릴 때도 있지 차가운 상처가 온몸에 푹 젖어들어도 까만 밤 하늘에 별빛만 가득 차올라도 기다려야겠어 둥글게 핀 까만 하늘 너의 눈망울이 반짝이는 밤을 나는 기다릴테야

꿈 속에 나오던 사람이 누구인지, 그 얼굴을 보았을 때 나는 무너지고 말았다. 그것은 나에게 허락되지 않은 사람, 서로의 심장에 긴 흉터를 남길 일들을 나는 꿈 속에서 보았다. 내가 절대로 하고 싶지 않았던 일들. 꿈은 정말 길었다. 나는 춤추며 노래했고, 행복해했다. 그렇게 춤추는 사람은 정말 본 적이 없었는데. 그 얼굴은 언젠가 마셨던 술과도 같았다. 읽기도 어려운 이름들을 가득 섞어 파랗게 물들인 한 잔이 내얼굴에 가득 담겨있었다. 숨길 수 없..

현재 제 블로그가 입주?하고 있는 scomaster.homelinux.org에서 티스토리(http://hongiiv.tistory.com)로 이사갑니다.

앞으로 올라오는 글은 새로운 블로그에서 확인하실 수 있습니다. RSS 주소도 http://hongiiv.tistory.com/rss 로 변경해주세요 ^^;;

Hadoop World: NYC 2009에서 아마존 웹 서비스의 Deepak Singh가 Hadoop for Bioinformatics라는 재미있는 주제로 발표를 했다. 넥스알의 한재선 박사님도 이메일 아카이빙 솔루션인 Terapot에 대해서도 발표를 하셨군요.

1. 엄청난 데이터가 몰려들어와 있고, 몰려들고 있다.
직접 발표를 들은것이 아니라, 슬라이드만 보고 혼자 생각한것을 적어본다면, 1-30 페이지까지는 엄청나게 쏟아져나오는 데이터에 대해서 이야기 하고 있는것 같습니다. 이부분에 대해서는 저도 제작년 발표때 언급을 한것인데, 추가 된것이라면 NGS를 이용한 엄청난 데이터에 대해서 더 언급 되어있습니다.

5-7페이지: 공개된 많은 생물학 데이터(genebank, pdb 등등)들이 있다고 합니다.
9페이지: 월컴 트러스터의 전시홀에 전시된 휴먼 지놈을 프린트해 놓은 책
10페이지: SNP을 찾는 Affymetrix의 칩입니다. 참고로 23andMe는 illumina의 칩을 사용하죠.
11-12 페이지: NGS 기계로 차세대 시퀀싱 기계입니다.
13페이지: 컴플리트 지놈이나 패시픽 바이오사이언스 등의 회사에서 NGS를 이용해 시퀀싱을 하고 있죠.
14-20: 많은 데이터가 빠르게 생성되고 있다.
29페이지: 1.1페타의 스토리지 용량을 보여주고 있습니다. 정말 후덜덜한 용량이 아닐 수 없네요, 출처는 Bioteam의 사장인 Chris Dagdigian씨의 터미널을 캡처한 것 같은데,,, 지난번 온 마이클의 사장님 되겠습니다. ^^

2. 그렇다면 어떻게 해야할까?
30-37페이지까지의 슬라이드에서는 이러한 문제에 대해서 알고리즘, 컴퓨팅 파워, 데이터의 관리, 데이터의 공유, 경영상의 마음가짐, 확장성 등에 대해서 다시 한번 생각해봐야 한다고 말하고 있습니다. 여기서 정확히 operational mindset의 의미를 모르겠지만, 제가 생각하기에 실제 조직내에서 이러한 데이터의 증가에 따른 경영진(생물학만을 전공한 윗분)의 확실한 뒷받침이 필요하다 정도일것 같습니다.

3. 두개의 핵심 트렌드를 잡아라.
38-44페이지에서는 바로 아마존의 웹서비스와 하둡을 언급합니다.

4. 실제 예를 보여줍니다.
47페이지부터는 지놈상의 숏리드(짧은 서열 조각들)를 레퍼런스와 매핑하는 방법에 대해서 이야기하고 시간이 많이 소요되는 작업임을 이야기 하고 있습니다. 그래서 이것을 MapReduce를 이용해서 매핑하는 CloudBurst라는 프로그램에 대해서 이야기 합니다. CloudBurst는 이미 아마존에서 사용할 수 있습니다.

58페이지에서는 보타이(Bowtie:나비넥타이)라는 가장 널리 사용하는 align 프로그램에 대해서 이야기 합니다. 그 다음으로 SOAPsnp으로 이렇게 정렬(align)된 서열로 부터 SNP을 찾아내는 프로그램에 대해서 이야기 합니다. 마지막으로 crossbow라는 snp 분석 프로그램에 대해서도 언급하네요. 이 프로그램들은 CloudBurst와는 달리 MapReduce로 작성된 프로그램이 아닌 시리얼한 프로그램인데 이것을 MapReduce로 하는 방법에 대해서 이야기를 하고 있습니다.

5. 이것뿐이냐?
78페이지에서부터는 이전에 서열정렬 부분이 아닌, 1)드노보 어셈블링(아까 본 서열 정렬 프로그램은 레퍼런스가 있어서 레퍼런스에 맞추는 것이지만, 드노보 어셈블링은 레퍼런스 없이 지들끼리 정렬, 따라서 더 시간이 소요) 2) 머신런닝이나 통계적인 처리 부분 3)단백질의 구조 예측 등등 많은 생물정보학과 하둡의 결합 부분을 이야기 하고 있습니다.

마지막으로 아마존에서 고이 간직하고 있는 public data set에 생물학 관련 데이터들이 있고, 사용 가능한 상태라는 언급을 하고  있습니다.

전체적으로 제가 예전에 발표했던 거랑 맥락은 같으나 실제 예가 더 포함 되어 있네요,,, 지금 서열 정렬부분에 한해서 예를 들었는데, 저는 좀 다른 부분(SNP의 분석쪽)에 관해서 준비하고 있습니다. 그럼 조금만 기다려 주시면,,,

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오늘 뉴스 기사에 안중근 의사의 후손의 DNA를 확보했다는 기사를 봤다. 이는 향후 안중근 의사의 유골을 찾았을때 실제 안중근 의사가 맞는지 확인하기 위해서라고 한다.

잠깐 미국으로 건너가 보자. 토마스제퍼슨은 미국의 3대 대통령으로 그의 사생활은 좀 복잡하다. 그의 부인은 일찍 죽었고, 부인의 이복 동생인 흑인 노예 사이에 자식을 둔 것이다. 당시 제퍼슨은 이 사실에 대해서 별 반응이 없었고 그냥 제퍼슨에게 흑인 노예와의 자식이 있더라라는 소문만 무성했다고 한다. 그 후 제퍼슨의 후손이라고 주장하는 사람이 나타났고 이를 위해서 Y 염색체의 STR 마커를 이용해서 진짜 제퍼슨의 후예인지를 확인하는 작업을 진행하게 된다.

하지만 문제는 Y 염색체는 남자에게만 있다는 사실, 즉 제퍼슨의 후손이라고  주장하는 자(남자), 제퍼슨의 진짜 남자 후손이 필요한데, 아쉽게도 제퍼슨의 남자 후손은 대가 끊겨 없다는 것이다. 다행히 제퍼슨 사촌의 남자 후손이 있었고, 이를 통해 제퍼슨의 후손임이 밝혀졌다고 한다.


샐리 해밍스(제퍼슨의 노예 아내?)의 막내 아들(이스턴 해밍스)의 후손과 제퍼슨의 사촌인 필드 제퍼슨의 후손과 STR 마커가 일치하는걸 알 수 있다.
참고, 위키피디아- 제퍼슨의 DNA

그렇다면 나도 어떻게 될줄 모르니까? 남자 후손 하나,,,쯤은 남겨 두어야 하는건가??

아프리카로부터 시작된 인류는 아시아와 북아메리카를 잇는 베링육교를 통해 이주되었다고도 한다. 베링해협의 얕은 바다가 해수면이 낮아지면 이동이 가능했다고 한다. 그런데 특이한 것은 아시아, 유럽, 아메리카 인디언의 사이의 다양성보다 아프리카내 원주인의 다양성이 많다는 것이다.

아프리카 대륙을 떠난 인류가 다양하게 당양성을 보였지만, 아프리카에서 유럽으로 갈때 한번, 아시아에서 아메리카 대륙으로 갈때 한번 이렇게 두번에 걸쳐 유전적 다양성이 감소했다는 것이다. 즉, 두 번의 보틀넥에 걸려서 유전적인 다양성이 확 감소해버렸다는 것이다.

아프리카 대륙의 원주민들간은 얼마나 유전적으로 다양한지에 대한 글은 Expansive genetic diversity in Africa revealed 여기를 참고하시면 될 듯합니다.

시간이 되시는 분들은 여기에 관한 Dienekes의 블로그의 댓글을 읽어보시는것도 좋을 듯합니다.

Tamm E, Kivisild T, Reidla M, Metspalu M, Smith DG, et al. (2007) Beringian Standstill and Spread of Native American Founders. PLoS ONE 2(9): e829.

doi:10.1371/journal.pone.0000829Proceedings of the Royal Society B
Evidence that two main bottleneck events shaped modern human genetic diversity
W. Amos and J. I. Hoffman 베링육교를 지나서 아메리카 대륙으로,,,